Il-Malta Postgraduate Medical Training Programme huwa mmexxi mill-Kap tal-MPMTP li jwieġeb direttament liċ-Chief Medical Officer (CMO). Min-naħa tagħhom id-Diretturi tal-Iskejjel tal-Fondazzjoni u l-Koordinaturi tat-Taħriġ tal-Ispeċjalità huma responsabbli lejn il-Kap tal-MPMTP għal kwistjonijiet relatati mat-taħriġ ta’ wara l-lawrja. Il-Kap MPMTP jaħdem mill-qrib mal-Kap amministrattiv taċ-Ċentru ta’ Taħriġ li jissorvelja t-tmexxija ta’ kuljum taċ-Ċentru. Il-mexxejja amministrattivi ta’ Taħriġ ta’ Speċjalità, Taħriġ tal-Fondazzjoni, e-portfolio, Simulazzjoni, u servizzi ta’ Appoġġ għat-Taħriġ jirrapportaw direttament lill-Kap amministrattiv taċ-Ċentru.